Izguba bakrene, znana tudi kot I²R izguba, se pojavlja v ovitju avtotransformatorja, podobno kot pri drugih vrstah transformatorjev. Ta izguba je posledica upora bakrenih vodil v ovitju. Ko tok teče skozi ovitev, se električna energija zaradi tega upora pretvori v toploto.
V avtotransformatorju, ki uporablja eno ovitev za primarno in sekundarno funkcijo, je izguba bakrene še vedno prisotna. Izgubo bakrene izračunamo s formulo:
P = I²R,
kjer:
P predstavlja izgubo bakrene v vatih (W),
I je tok, ki teče skozi ovitev v amperih (A),
R je upor ovitja v ohmih (Ω).
Ker skupno ovitev nosi združen tok (vsoto primarnega in sekundarnega naložnega toka), je skupni tok v deljenem delu višji. Vendar zaradi dizajna avtotransformatorja in načela preoblikovanja napetosti je dejanska izguba bakrene tipično nižja od izgube v ekvivalentnem dvovitnjem transformatorju, ne višja, ker manj toka teče skozi del ovitja in celotna dolžina vodiča je zmanjšana.
Vseeno pa ostane minimalizacija izgube bakrene ključno ciljem oblikovanja. To dosežemo z uporabo vodičev z nizkim uporom in optimizacijo dizajna ovitja. Učinkova odvajanje toplote je bistveno za zagotovitev, da operira v okviru varnih temperaturnih mej.