Затратите на мед, известни също като I²R загуби, се появяват в обмотката на автотрансформатора, както и при други видове трансформатори. Тези загуби възникват поради съпротивлението на медните проводници в обмотките. Когато ток протича през обмотката, електрическата енергия се преобразува в топлина в резултат на това съпротивление.
В автотрансформатора, който използва една обмотка за основна и вторична функция, загубите на мед все още съществуват. Загубите на мед се изчисляват с формулата:
P = I²R,
където:
P е загубата на мед в ватове (W),
I е токът, протичащ през обмотката, в ампери (A),
R е съпротивлението на обмотката в ом (Ω).
Тъй като общата обмотка носи комбинирания ток (сборът от тока на основната и вторичната нагрузка), общият ток в споделената секция е по-висок. Въпреки това, благодарение на конструкцията на автотрансформатора и принципа на преобразуване на напрежението, реалната загуба на мед е типично по-ниска, отколкото в еквивалентен двуобмотков трансформатор, не по-висока, защото по-малко ток протича през част от обмотката и общата дължина на проводника е намалена.
Въпреки това, минимизирането на загубите на мед остава ключов проектен цели. Това се постига чрез използване на проводници с ниско съпротивление и оптимизиране на конструкцията на обмотката. Ефективното разсейване на топлината е необходимо, за да се гарантира, че трансформаторът работи в безопасни температурни граници.