Vārsta zudējums, ko arī sauc par I²R zudējumu, notiek arī avtotransformatora vijos tāpat kā citās transformatoru veidā. Šis zudējums rodas viju mieda vadītāju pretestības dēļ. Kad strāva plūst caur viju, elektriskā enerģija tiek pārvērsta siltumā kā rezultāts šīs pretestības dēļ.
Avtotransformatorā, kas izmanto vienu viju gan primārajai, gan sekundārajai funkcijai, vārsta zudējums joprojām pastāv. Vārsta zudējumu aprēķina, izmantojot formulu:
P = I²R,
kur:
P ir vārsta zudējums vatā (W),
I ir strāva, kas plūst caur viju amperēs (A),
R ir viju pretestība omās (Ω).
Kopīgais vijus nodzes kopējo strāvu (primārā un sekundārā ielādes strāvas summu), tāpēc kopīgajā daļā vispārējā strāva ir lielāka. Tomēr, atbilstoši avtotransformatora dizainam un sprieguma pārveidošanas principam, faktiskais vārsta zudējums parasti samazinās salīdzinājumā ar līdzīgu divviju transformatoru, nevis palielinās, jo mazāka strāva plūst caur daļu no vija un kopējā vadītāja garums samazinās.
Tomēr, vārsta zudējuma minimizēšana paliek galvenais dizaina mērķis. Tas sasniegts, izmantojot zemas pretestības vadītājus un optimizējot viju dizainu. Efektīva siltuma izdalīšanās ir būtiska, lai nodrošinātu, ka transformators darbojas drošā temperatūras robežās.