Misir zəhəri, yəni I²R zəhəri, avtotransformatorda digər növ transformatordakı kimi sarımada baş verir. Bu zəhər məsələn, sarımada olan misirdən ibarət illiklərin müqaviməsi səbəbindən yaranır. Dəriyə gələndə, bu müqavimə səbəbindən elektrik enerjisi istiğinə çevrilir.
Avtotransformator, bir neçə işlev üçün (birincil və ikincil) tək bir sarımadan istifadə edəndə, misir zəhəri hələ də mövcuddur. Misir zəhəri aşağıdakı düsturla hesablanır:
P = I²R,
burada:
P misir zəhəri vat (W)-dədir,
I sarımada akan dəri amper (A)-dədir,
R sarımın müqaviməsi om (Ω)-dur.
Ümumi sarım, birincil və ikincil yük dəriyinin cəmini taşır, buna görə də ortaq hissədəki ümumi dəri daha yüksəkdir. Amma, avtotransformatordan və onun voltaj çevirmə prinsipindən səbəb olaraq, faktiki misir zəhəri adətən eyni iki sarımlı transformatordan daha aşağıdır, çünki sarımın bir hissəsindən daha az dəri axır və ümumi illik uzunluğu azalır.
Bununla belə, misir zəhərinin minimallaşdırılması əsas layihə məqsədidir. Bu, aşağı müqaviməli illiklərdən istifadə və sarımların optimal layihələndirilməsi ilə əldə edilir. Effektiv isti atılmanın təmin edilməsi, transformatorun təhlükəsiz temperatur limitlərində işləməsinə lazımdır.