Губитевината од меди, позната и како I²R губиток, се појавува во намотката на аутотрансформаторот, така како и во други типови на трансформатори. Овој губиток произлегува поради отпорот на медните проводници во намотката. Кога стројот протече кроз намотката, електричната енергија се конвертира во топлина како резултат на овој отпор.
Во аутотрансформаторот, кој користи една намотка за првична и вторична функција, губитокот од меди се јавува. Губитокот од меди се пресметува со формулата:
P = I²R,
каде што:
P е губитокот од меди во ватови (W),
I е стројот кој протече кроз намотката во ампери (A),
R е отпорот на намотката во оми (Ω).
Бидејќи заедничката намотка носи комбинираниот строј (збирот на првичниот и вторичниот оптеретен строј), целокупниот строј во заедничкиот дел е поголем. Меѓутоа, поради дизајнот на аутотрансформаторот и принципот на трансформација на напон, реалниот губиток од меди обично е помал од она во еквивалентен двонамотен трансформатор, не поголем, бидејќи помал строј протече кроз дел од намотката и целокупната должина на проводникот е намалена.
Иако, минимизирањето на губитокот од меди останува клучен дизајнски цели. Ова се постигнува со користење на проводници со ниски отпор и оптимизација на дизајнот на намотката. Ефективното дисипирање на топлината е суштинско за осигурување на работата на трансформаторот во сигурни температурни граници.