Gubitak bakra, također poznat kao I²R gubitak, javlja se u zavoju autotransformatora, baš kao i u drugim vrstama transformatora. Taj gubitak nastaje zbog otpora bakrenih vodilaca u zavojnicama. Kada struja teče kroz zavojnicu, električna energija pretvara se u toplinu zbog tog otpora.
U autotransformatoru, koji koristi jednu zavojnicu za primarnu i sekundarnu funkciju, gubitak bakra je i dalje prisutan. Gubitak bakra računa se pomoću formule:
P = I²R,
gdje:
P jeste gubitak bakra u vatima (W),
I jeste struja koja teče kroz zavojnicu u amperima (A),
R jeste otpor zavojnice u ohmima (Ω).
Budući da zajednička zavojnica nosi kombiniranu struju (zbroj primarne i sekundarne radne struje), ukupna struja u zajedničkom dijelu je veća. Međutim, zbog dizajna autotransformatora i principa pretvorbe napona, stvarni gubitak bakra obično je manji od onog u ekvivalentnom transformatoru s dvije zavojnice, a ne veći, jer manja struja teče kroz dio zavojnice i ukupna duljina vodilca je smanjena.
Ipak, minimizacija gubitka bakra ostaje ključni cilj dizajna. To se postiže upotrebom vodilaca s niskim otporom i optimizacijom dizajna zavojnice. Efikasno odbijanje topline bitno je kako bi se osiguralo da transformator radi unutar sigurnih granica temperature.